Der Hauptunterschied zwischen den beiden Varianten ist das Sicherheitsniveau und die notwendige Ausstattung. Während eine beA-Mitarbeiterkarte eine Chipkarte ist, die nicht vervielfältigt werden kann und für deren Verwendung ein Chipkartenlesegerät erforderlich ist, handelt es sich bei einem Softwarezertifikat um eine Datei. Diese muss in den Zertifikatsspeicher des Computers geladen werden, von dem das beA verwendet wird. Sowohl beA-Mitarbeiterkarte als auch Softwarezertifikat erfordern zusätzlich die Eingabe einer PIN.
Das Softwarezertifikat bietet Vorteile in der Handhabung – es wird insbesondere kein Chipkartenlesegerät benötigt. Es ist jedoch zugleich größere Sorgfalt beim Schutz vor unberechtigten Zugriffen auf das Zertifikat bzw. den Computer, auf dem es installiert ist, erforderlich, u. a. weil ein Softwarezertifikat kopiert werden kann. Einer Person, die die PIN für ein Softwarezertifikat kennt, kann dieses daher nicht mehr zuverlässig entzogen werden (es sollte stattdessen die Zuordnung des Softwarezertifikats zu dem Postfach entfernt werden).
Das Recht, selbst Rechte zu vergeben, kann einem Mitarbeiter, der ein Softwarezertifikat zur Anmeldung nutzt, aus Sicherheitsgründen nicht verliehen werden.